Tradycyjny kefir ma cierpki, odświeżający smak i zwykle jest lekko „musujący”, co zawdzięcza obecności dwutlenku węgla, który jest końcowym produktem fermentacji. Kefir zawiera inne rodzaje pożytecznych bakterii niż jogurt. W jogurcie występują tylko bakterie przejściowe, których zadaniem jest oczyszczanie przewodu pokarmowego – nie mogą one jednak „zamieszkać” w jelicie. Jogurt dostarcza też prebiotyków, które stanowią pożywienie dla dobrych bakterii już obecnych w jelicie. Z kolei dobroczynne bakterie zawarte w kefirze, w przeciwieństwie do bakterii jogurtowych, mają zdolność kolonizacji jelita. Ponadto, kefir dostarcza również pożytecznych drożdży, pomagających kontrolować i eliminować drożdże patogenne z organizmu.